生物工程实验教学中心，主要由工业微生物实验室、发酵工程实验室、基因工程实验室、细胞工程实验室和生物工程实训中心组成。其中，工业微生物实验室和生物工程实训中心面向食品学院的四个专业（食品科学与工程、食品安全、生物工程、应用化学），发酵工程实验室、基因工程实验室、细胞工程实验室是生物工程专业的专业实验室。